Приказом Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации от 1 июля 1998 г. «Об утверждении организационно-штатных документов по управлениям (отделам) Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации в субъектах Российской Федерации» в Костромской области создан Отдел Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации, утверждено штатное расписание в количестве 20 штатных единиц, включая должности начальника отдела и заместителя начальника отдела.

Приказом Судебного департамента от 6 августа 1998 г. № 59 л/с начальником Отдела был назначен Шабашов Валентин Иванович. Должность начальника он замещал до 16 октября 2000 года.

18 августа 1998 г. Управление Судебного департамента в Костромской области было поставлено на учет в налоговом органе.

27 декабря 1998 г. утверждено Положение об Управлении Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации в Костромской области, которое изменило не только статус созданного государственного органа, но и его структуру.

Управление Судебного департамента в Костромской области осуществляет кадровое, организационно-правовое, материально-техническое и финансовое обеспечение деятельности районных судов региона. Организует проведение конференций и совещаний судей областного и арбитражного судов, районных судов, мировых судей, на которых судьями обсуждаются вопросы судебной практики и совершенствования законодательства, рассматриваются актуальные проблемы кадрового и организационного обеспечения судебной деятельности, правового и социального положения судей, избрания членов органов судейского сообщества Костромской области. Управление принимает и непосредственное участие в работе конференций – представляет отчет о своей деятельности перед судейским сообществом Костромской области.
Руководство Управления на протяжении 25 лет работает в тесном сотрудничестве с Костромским областным судом и органами судейского сообщества региона: советом судей, квалификационной коллегией судей, экзаменационной комиссией по приему квалификационного экзамена на должность судьи.